การตรวจสอบภายในของส่วนราชการ เริ่มมาตั้งแต่ปี พ.ศ. 2505 และเปลี่ยนแปลงเป็นระยะๆ ตามระเบียบการเบิกจ่ายเงินจากคลัง พ.ศ. 2505 ระเบียบการรับจ่าย การเก็บรักษาและการนำส่งเงินของส่วนราชการ พ.ศ. 2516 ระเบียบดังกล่าวกำหนดให้ส่วนราชการแต่งตั้งข้าราชการในหน่วยงาน เป็นผู้ทำหน้าที่ตรวจสอบภายใน ต่อมาปี พ.ศ. 2519 คณะรัฐมนตรีมีมติให้ส่วนราชการที่เป็นกระทรวง ทบวง กรม และส่วนราชการที่เทียบเท่ารวมถึงจังหวัดทุกจังหวัด มีตำแหน่งอัตรากำลังเพื่อทำหน้าที่เป็นผู้ตรวจสอบภายในโดยเฉพาะ และให้ผู้ตรวจสอบภายในขึ้นตรงต่อหัวหน้าส่วนราชการ

มหาวิทยาลัยราชภัฏเพชรบุรี จัดตั้งหน่วยตรวจสอบภายในขึ้นในปี พ.ศ. 2550 โดยเป็นหน่วยงานในสังกัดสำนักงานอธิการบดี มีวัตถุประสงค์เพื่อเป็นเครื่องมือของผู้บริหารในการตรวจสอบติดตามและประเมินผลการปฏิบัติงาน และการบริหารของหน่วยงานต่างๆ ภายในส่วนราชการ และเสนอแนะแนวทางหรือมาตรการที่จะทำให้ผลการดำเนินงานมีประสิทธิภาพและบรรลุผลตามเป้าหมายที่กำหนดขึ้น หน่วยตรวจสอบภายใน ปัจจุบันมีที่ทำการอยู่ที่อาคารวิทยาภิรมย์ (ชั้น M)